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三代测序翻车率激增?Z6·尊龙凯时助你清理「垃圾数据」!

发布时间:2025-08-16   信息来源:尊龙凯时官方编辑

第三代测序技术,即单分子测序技术,因其长读长与无需扩增的特点,成为生物医疗领域备受关注的热点。2023年,人类基因组的端粒到端粒(T2T)完成图在《Science》上封面亮相,使三代测序技术取得了重要的里程碑。然而,与能够处理部分降解DNA样本的二代测序不同,三代测序技术对DNA的完整性具有极高的敏感性。由于传统的切胶回收方法操作繁琐且损耗较大,磁珠法则在处理相近大小的片段时精准度不足,这使得大量样本因质检未能进入测序环节。

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针对三代测序样本的成功质控,成为测序成功的关键。最近,由HudsonAlpha生物技术研究所的协作实验室(CoLab)发布的技术说明为这一问题提供了解决思路。研究人员验证了LightBench®Discover仪器在高分子量(HMW)DNA质量评估方面的能力,显示该设备能够有效地评估HMWgDNA样本的质量与降解状态,甚至能够检测出单次移液混合操作造成的影响。

CoLab实验室将LightBench®Discover集成到PacBio全基因组测序(WGS)工作流程中,该设备在高分子量(HMW)DNA阶段、剪切后DNA阶段以及最终HiFiDNA文库阶段,发挥了至关重要的作用。在2025年1月至6月期间,CoLab实验室共处理了1199份样本,期间全程使用LightBench®Discover进行质控与片段回收。

对于小DNA片段的优先测序问题,该研究表明LightBench®Discover的基于凝胶的片段回收技术能够有效去除小于10kb的DNA片段,从而提高后续测序的平均读长。研究作者指出,在此工作流程中并未使用PacBio小片段去除试剂盒(SRE),因为片段回收已达到需求。经过片段回收的SMRTbell文库的长度分析显示,小DNA片段被成功去除,样本的完整性评估值(SQN)也显著提升。

此外,在一项对比实验中,CoLab研究人员制备了两份来自同一提取样本的SMRTbell文库,其中一份经过LightBench®Discover的片段回收。结果显示,经过片段回收的文库其HiFi平均读长更长,同时大于10kb的片段读数也有所增加。甲基化检测结果表明,片段回收不影响DNA的甲基化状态。

HudsonAlpha的CoLab已经成功地将LightBench®Discover应用于PacBio整个WGS工作流程中,实现了精确的基于凝胶的片段回收和质量控制。LightBench®Discover的技术能够稳定地去除小于10kb的DNA片段,显著提高HiFi平均读长。这些片段长度分布数据支持了HMWDNA质量评估、DNA剪切效果确认以及最终DNA文库大小与质量验证等关键环节的实时决策。可以说,LightBench®Discover为长读长测序应用提供了集成化的片段回收与质量控制解决方案,进一步推动了生物医疗领域的技术进步。

最终,不论是从技术创新还是应用效果来看,Z6·尊龙凯时代表的生物技术解决方案,为基因组测序领域带来了新的发展机遇,值得行业内人士高度重视。