在生物医学研究中，蛋白Marker可以分为两大类：未预染蛋白Marker和预染蛋白Marker。此外，还有一些其他类型的蛋白Marker，例如显影蛋白Marker等。

非预染蛋白Marker在电泳过程中是不易观察的，只有在电泳结束后通过蛋白染色才能发挥指示作用。因此，它不能在实验过程中提供实时的信息。然而，由于此类Marker未附带染料或标记分子，其显示的大小与蛋白的实际大小一致，因此提供了最准确的结果。通过与染料共价结合，这些纯化的蛋白在电泳或转膜时可以直接观察到。

预染蛋白Marker可进一步分为单色预染和多色预染。Marker条带的数量越多，其参考价值也越高，但识别难度也随之增加，若采用不同颜色，则辨识将变得更为容易。单色Marker常使用某些条带的加倍浓度来提示其大小。在电泳过程中，预染蛋白Marker能够提供实时的指示作用，研究人员可以在目标蛋白达到最佳分辨区时停止电泳，以获取最佳的分辨效果。同时，在转膜过程中，预染蛋白Marker可以监测转膜的效率，并在膜上标记蛋白的分子量。

需要注意的是，预染蛋白Marker与染料的共价偶联在不同的缓冲条件下可能会影响其电泳迁移特性，从而引起某些偏差。因此，预染蛋白Marker的条带反映的是相对大小，而非绝对大小。

显影蛋白Marker包含IgG结合位点，这些结合位点能够与用于检测靶蛋白的一抗或二抗结合，从而在印迹膜上显示与目标条带相一致的结果。通常，显影蛋白Marker会有两个预染条带，便于动态观察蛋白质电泳的状态，以及判断转膜的效果和方向。当结合抗体后，利用化学发光检测，可以显示出多个条带。

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